计划“生殖与发育”框架下的3个IPS的973项目立项。从此，干细胞研究在中国走上了快速发展通道，实现了对发达国家的全面追赶和局部赶超。
从2004年担任副院长开始，裴端卿开始了新的团队建设计划。他分别引进和培养了近20位从事干细胞研究的研究员，自己培养了25名博士，目前整个研究院科研人员有600余名。
2011年，裴端卿给自己的科研团队制定了一个充满挑战的计划——利用尿液里的细胞再造一颗人类的牙齿。按照裴端卿团队的最初设想，人体的多能干细胞和相关细胞的结合，就能形成所需要的人体器官。裴端卿团队列出了上百种可能的牙齿再造方案，他们又从中筛选出了十种方向进行探索，每一个方向都进行了数百次尝试。经过数千次的实验，在不断的失败中，裴端卿团队开始按照新的思路，利用干细胞分化成的上皮细胞再次合成牙齿——它具有人的染色体基因、符合人类牙齿的正常结构，研究取得了重大突破。再生牙的成功使多能干细胞的重塑有了更多的可能。
在广州的实验室，裴端卿和他的团队向世界证明：尿液可以提供健康的细胞，而科学家可以利用这些细胞得到高质量的神经干细胞，并且进一步将它们变成血液细胞、骨细胞、皮肤细胞、肝细胞甚至神经细胞。在不远的将来，科学家或许就可以将这些分化的细胞移植到人体损伤部位以便替换衰老的细胞和组织，实现延长人类生命的梦想。
裴端卿带领团队发表了我国第一篇诱导多能干细胞论文，奠定了我国在该领域的研究新方向；建立了我国干细胞多能性调控与体细胞重编程体系；揭示了维生素C在促进诱导多能干细胞形成方面的重要作用，由此解决了多能干细胞研究初期效率低的普遍技术问题等。这些代表性学术成果相继发表在《细胞干细胞》《自然遗传学》《自然细胞生物学》等著名国际期刊上，共计70多篇论文，他人引用达3000余次。
中科院组织的国际评估委员会对裴端卿的评估报告中有这样一句话：裴端卿博士从事的研究有望对再生医学产生革命性的影响。裴博士在该领域取得了众多有影响力的发现，在全世界范围内，他已成为该领域的引领者。
现在的裴端卿，更加注重锻炼身体，希望“跑一个全程马拉松”，因为只有拥有健康的体魄，才能为国家和社会做更多科研工作。“这是一个伟大的时代，我不想错过难得的机遇。”裴端卿说。
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